Fermentacja wina przebiega zazwyczaj w trzech fazach.

1. Początek fermentacji jest zazwyczaj cichy – sok zaczyna się burzyć po 1 – 5 dniach od nastawienia.
2. Fermentacja burzliwa rozpoczyna się wtedy, kiedy drożdże namnożyły się już wystarczająco. Temperatura nastawu wyraźnie wzrasta, dwutlenek węgla wydobywa się burzliwe. Stan ten trwa zazwyczaj kilka dni, choć może się przedłużyć do 2 – 4 tygodni. W tej fazie sok zawiera już mniej więcej połowę ogólnej ilości alkoholu i ma jeszcze sporo cukru, aktywnych drożdży i dwutlenku węgla. Nadaje się też już do spożycia – w tym stadium nosi nazwę „burczak”.

3. Dofermentowanie, czyli cicha fermentacja. W tej fazie sok ma już więcej alkoholu i mniej cukru. Okres cichej fermentacji trwa od 3 – 4 tygodni do kilku miesięcy. Zawartość i tempo wydzielania się dwutlenku węgla stale się zmniejsza. Resztki cukru fermentują, wytwarzając właściwy „bukiet” wina. W końcu fermentacji drożdże obumierają z powodu wysokiej zawartości alkoholu, który hamuje ich wzrost, i opadają na dno z zawiesiną.

Do dokładnie wymytej i wysuszonej, a jeśli trzeba to wysiarkowanej butli wlewamy sok, fachowo mówiąc – moszcz owocowy, dodajemy przegotowaną wodę (jej ilość zależy od rodzaju owoców i jest podana w każdym przepisie) i syrop cukrowy (zazwyczaj sporządzony z połowy ilości cukru przewidzianego przepisem), a także pożywkę i matkę drożdżową. Następnie należy butlą energicznie potrząsać, tak aby wszystko dobrze się wymieszało (oczywiście robić to trzeba z wyczuciem, bo szklana butla zagrożone jest stłuczeniem).

Nie należy nigdy napełniać butli do pełna, a tylko tak, aby pod szyjką pozostało trochę wolnej przestrzeni. W przeciwnym razie, w okresie burzliwej fermentacji część naszego wina może „wykipieć”. Szyjkę butli należy zakorkować zwitkiem czystej bawełnianej waty, tak by do zacieru nie miały dostępu muchy ani inni nieproszeni goście.

Intensywna, burzliwa fermentacja rozpoczyna się zazwyczaj w kilkanaście godzin po dodaniu drożdży i trwa od 10 do 20 dni – zależy to od rodzaju drożdży, ilości cukru i temperatury – moszcz staje się mętny i intensywnie się pieni i bulgocze. W tym czasie stopniowo dodajemy do zacieru resztę syropu cukrowego.

Najlepiej wówczas utrzymywać w pomieszczeniu temperaturę około 20°C, gdyż podczas fermentacji wydziela się ciepło i płyn ma zawsze wyższą temperaturę niż otoczenie. Wysoka temperatura zbytnio przyspiesza fermentację, co nie pozostaje bez wpływu na jakość wina – jest ono mniej aromatyczne i zawiera mniej alkoholu. Soki mętne, z zawiesiną, a więc nie sklarowane, fermentują szybciej niż soki sklarowane, dlatego lepiej zawsze wyciśnięty sok na trochę odstawić, a następnie zlać znad osadu. Wino ze sklarowanego soku ma ponadto ładniejszy kolor, a zdaniem smakoszy jest w dodatku smaczniejsze.

Z czasem płyn bulgocze coraz ciszej, uspokaja się i piana opada. Wówczas należy butlę dopełnić moszczem lub przegotowaną wodą i dobrze zakorkować korkiem z rurką fermentacyjną, uszczelnioną parafiną. Do rurki nalewamy płynu (najlepiej mocnej herbaty, ciemny płyn pozwala lepiej zobaczyć, jak się wydziela gaz).

W żadnym wypadku nie rezygnujcie z rurki, bowiem umożliwia ona wydzielanie się gazu (zatkana szczelnie butla eksplodowałaby, jak bomba), a ponadto zabezpiecza przyszłe wino przed wtargnięciem szkodliwych drobnoustrojów. 

Ludowy przekaz mówi, że jeśli nie możemy zdobyć rurki fermentacyjnej, to można ją zastąpić 1 – 2 cm warstwą dobrej oliwy, którą należy dolać do zacieru, podczas gdy szyjkę trzeba uszczelnić kawałkiem czystej bawełnianej waty.